发酵饲料质量与原料、菌种、生产设备及工艺有关，特别是菌种、原料筛选最为关键。

发酵用原料通常有豆粕、菜粕、棉籽粕、麸皮等蛋白类原料，玉米深加工副产物，如玉米皮、玉米胚芽粕、干酒糟等。地域性非常规原料，如有功能性中草药、作物或果蔬加工残渣等。所有原料必须列入“饲料原料目录”并符合相关要求。所需原料需要有稳定的市场供应能力，确保生产的连续性。湿性糟渣原料，要立即进行脱水等预处理，避免变质。生产菌种必须符合“饲料添加剂产品目录”，同时进行有效活菌检测。原料与菌种的卫生指标，必须达到GB13078要求。

发酵饲料基质配方设计，无论单一原料或者复合原料，都应充分考虑其合法性、营养性、安全性与制备工艺的可操作性。

发酵饲料制备，应建设专用的发酵饲料车间，环境符合国家要求。设备的首选材质为不锈钢。菌种活化、稀释、计量、试剂添加等设施设备，具备较好的自动化生产能力。

发酵饲料制备应制定详细的工艺标准、操作规程。操作人员经过培训后才上岗。严格过程中的品质控制，如原料质量、配料均匀度、菌液活力与用量等指标要求。保持环境、设备的清洁度，防止污染等。

发酵饲料产品，应当密切观察发酵持续情况，控制存放库房的适宜环境温度。按批次完整记录生产数据，达到饲料质量安全规范要求。