球虫卵囊对多种环境因素有强大的抵抗、耐受能力，所以对球虫病的预防主要依赖于药物。但药物会导致球虫的耐药性，使用效果日益降低。其次，药物会残留于机体，降低肉品品质。

球虫卵囊对高温、干燥的抵抗力相对较弱。若鸡粪无害化处理时温度达到40℃并维持3-5天，虫卵可以被完全灭活。一批鸡出栏后，清洗鸡舍保持干燥，空栏时间越长，球虫卵的死亡率会越高。

能杀灭球虫卵的理想消毒剂为酸、碱液，专用的消毒剂产品目前仍较少。鸡舍与用具经深度清洁后，用热碱水喷洒能有效杀灭虫卵。但碱液的腐蚀性强，可用于地面及耐蚀的用具消毒。

火焰消毒最为有效。煤油喷枪的火焰产生600-800℃的高温，可以将虫卵、病毒、细菌一并杀灭。火焰消毒可应用于地面、墙壁、道路、铁丝笼具等，但塑料、木制品上无法应用。

有报道，多成分复合消毒剂能穿透球虫卵囊壁，对虫卵有明显的抑杀效果。以季铵盐、表面活性剂、氢氧化钠等为主要成分的球虫消毒药，组成复合型消毒剂，对鸡舍消毒，能有效减少垫料中的卵囊数目，降低鸡球虫感染。也有研究证实，低浓度的氨、二硫化碳对球虫卵的杀灭作用明显。7-10%氨水与2%氢氧化钠进行复配，效果优于单一消毒剂。复配后随着碱液浓度的下降，腐蚀性也相应降低。